Die Führung eines 11ers hätte nur zwei wirklich schwierige Kreuzungen drin.
1. Lassallestraße
2. Meiereistraße
Das sind die zwei am stärksten befahrenen Straßen, wo eine 100% Bevorrangung kontraproduktiv sein kann.
Bei der Lassallestraße weniger als beim Stadion, wo man durch den entstehenden Stau gleich mal den wichtigen 77A aufhält.
Beim Engelsplatz würde ich mal davon ausgehen, dass man durch die überbreite Unterführung fährt und diese damit aufwertet oder man sowieso erst bei der Floridsdorfer Brücke aus der Bahnstrecke ausfädelt, da eine Führung durch den Engelshof eher schwierig ist. (Bausubstanz, Durchfahrtshöhen etc.)
Bei der Lassallestraße gebe ich dir recht, da müsste man sich was einfallen lassen. Evtl. könnte man gerade über den Mexikoplatz fahren und dort die Reichsbrückenrampe mit U1 unterfahren und weiters die U1-Station mit der Straßenbahn durch eine Passage verbinden. Im Norden und Süden des Platzes könnte man die Rampen für die Kurz-Ustrab unterbringen, denn man muss gar nicht so tief hinunter, weil die U-Bahn bereits halb über dem Boden fährt.
Bei der Meiereistraße ist eine stark befahrene Kreuzung? Diese ist doch ohnehin nur eine Nebenstraße, ich würde außerdem im Zuge des ÖV-Ausbaus die Praterquerung für den IV massiv einschränken, der Bus alleine wäre dann nicht das Hindernis. Einziges Problem wäre der Stadionbetrieb (an ca. 10 Abenden im Jahr), wo man die Lokalbahn so führen müsste, dass sie durch die Besuchermassen nicht eingeschränkt würde.
Übrigens, das Problem mit dem 77A könnte man durch die Verlängerung der Linie 18 zum Stadion komplett vermeiden, denn diese Linie hätte durch einen zusätzlichen Anschluss an ein hochrangiges Verkehrsmittel einen noch größeren Verkehrswert.
Da ja die ÖBB Niveaugleiche Querungen scheut wie der Teufel das Weihwasser, braucht man über kurz oder lang eh noch ein paar mehr Stege über die Bahn und dann natürlich gleich über den Handelskai. Egal wo die S45neu fährt.
Das Problem mit der Lage der Bahnstrecke an der Donau ist einfach, dass man eben Querungen braucht. Und die Stationen wären auf der einen Seite neben dem Fluss (wo kein Fahrgastaufkommen ist) und auf der anderen Seite würde der Einzugsbereich maximal 1-2 Häuserblocks weit reichen. Die Überquerung über Stege wäre für potentielle Fahrgäste auch unattraktiv, desweiteren ist die barrierefreie Ausgestaltung teuer (man braucht Aufzüge und / oder lange Rampen). Bei der Fahrt durch die Engerthstraße wären die Haltestellen mitten im Bezirk und so wäre das Einzugsgebiet deutlich größer, man würde praktisch alle Wohnbauten zwischen Handelskai und S-Bahn-Stammstrecke erreichen, sowie fast das gesamte Nordbahnhofviertel.
Dass man den Handelskai und die Bahn dennoch mit Stegen durchlässiger machen sollte, ist übrigens eine andere Geschichte. Zwischen Millennium-Tower und Reichsbrücke ist der Handelskai fast wie die Berliner Mauer, die Überquerung ist nur unter Lebensgefahr möglich.