Ich persönlich würde die Stationen Schwarzenbergplatz, Werndlgasse und Kummergasse rausschmeißen, alle wegen eines zu kurzen Stationsabstandes. Karlsplatz <> Schwarzenbergplatz ist ja mit dem Oberflächenverkehr optimal erschlossen und die U-Bahn bringt gerade mit den Zugangswegen dort keinen Zeitvorteil, außerdem ist der Stationsabstand sehr kurz. Karlsplatz <> Rennweg wäre mit ca. 1,5 km zwar ein relativ langer Stationsabstand, dafür käme die U-Bahn ihrer Aufgabe des schnellen innerstädtischen "Fernverkehrs" gut nach. Schwarzenbergplatz <> Rennweg wäre mit U-Bahn und Straßenbahn, von Oberfläche zu Oberfläche gerechnet, wahrscheinlich gleich lang bzw. mit der Straßenbahn nur unwesentlich länger. Vor allem unter Inbetrachtnahme der äußerst kurzen Stationsabstände entlang der Zweierlinie auf derselben Strecke ließe sich ein 1,5-km-Abstand zur Beschleunigung gut rechtfertigen.
Jetzt kann man das Spielchen natürlich noch weiter treiben und die zweite Stammstrecke (falls sie jemals und in welcher Form sie kommt) einzeichnen (Viel Spaß dabei!

). Der Punkt ist, wenn man sie vom Rennweg über Karlsplatz, Herrengasse und Schottentor zum Franz-Josefs-Bahnhof führt, würde der Abschnitt Rennweg <> Karlsplatz ihr gehören, nicht der U-Bahn. Das, nämlich ob U-Bahn oder S-Bahn, müsste man überlegen, wenn man zwischen Rennweg und Karlsplatz baut. Beides wär nicht sinnvoll. Die zweite Stammstrecke gehört aber vermutlich nochmal deutlich nach 2040.
Aber ich schweife ab ...