Dass sich die S3 in zwei Äste gabelt, finde ich nicht so schlimm- das ist durchaus internationaler Standard. Ein Fehler ist nur, diese wegen je einem Zug pro Richtung bis Wr. Neustadt einzuzeichnen.
Die S1 sollte zwischen Mödling und Wr. Neustadt ebenfalls nur gestrichelt sein, lediglich in der Früh gibt es ein paar S1-Züge zwischen Wr. Neustadt und Mödling (und auch nur in diese Richtung und teilweise ohne Halt in allen Stationen).
Die S2 ist prinzipiell nicht falsch eingezeichnet, besteht aber de facto aus drei einander überlappenden Linien (Laa - Mistelbach - Meidling, Wolkersdorf - Mödling und Floridsdorf - Wr. Neustadt).
Die Linienbezeichnungen S60 und S80 sind in meinen Augen korrekt, weil eben die Stammstrecke nicht befahren wird. Und wenn nach Vollinbetriebnahme des Hauptbahnhofs die S60 zwischen Hbf. und Meidling via Stammstrecke verkehren wird, kann man ja darüber diskutieren diese in S6 umzubennennen (wobei ich die ursprünglich geplante S8 Aspern - Hütteldorf für sinnvoller erachte).