Die Frage beim Einsatz wird sein, ob dem Besteller die Linienbezeichnungen wichtig sind. Wenn der Besteller sagt, die Dinger heißen IR, dann heißen die auch IR. Wenn es dem Besteller wie bei den MEX egal ist, wird die ÖBB wohl ihr Railjetbranding verwenden.
Das hat nichts mit "egal" oder "nicht egal" zu tun, sondern schlicht, wer sich (üblicherweise auf oberster Ebene) durchsetzt. Und wenn die ÖBB-PV AG beim Minister raunzen geht, um ihre (oftmals sinnbefreiten und komplett verwirrenden "jet"-Marken um jeden Preis durchzuboxen), dann kannst du dir das Ergebnis vorstellen.
Hätte sich die Bestellerseite durchsetzen können, hätten wir jetzt ganz sicher nicht diese vollkommen unnötige Marke CJX im Nahverkehr.