Es ist richtig schon peinlich, wenn Leute von "wenn man kleine Kinder Modellbahn spielen lässt..." schreiben, selbst aber totalen Unsinn verzapfen 
Schon mal auf die Idee gekommen, dass am Hauptbahnhof um :30 ein Taktknoten ist? 
Was weiß ich, was ein "Taktknoten" ist? Und was interessiert mich das? Mich interessiert, dass ich zuerst sechs Minuten herumstehe und unmittelbar danach fast täglich noch einmal mehrere Minuten. Und dass ich tagtäglich zu spät in Meidling eintreffe. Für was gibt's bitte einen Fahrplan, wenn er so gut wie nie eingehalten wird? Das interessiert mich. Kannst du mir darauf antworten?
Ganz einfach: Die Züge kommen alle kurz vor der Minute :30 an und fahren einige Minuten später wieder weg. Das ermöglicht kurze Anschlüsse und damit schnelle Verbindungen in alle (sinnvolle) Richtungen – weil eben von alle Richtungen in alle Richtungen die Züge gleichzeitig da sind. Das bedingt aber auch, dass manche Züge eben länger am Bahnhof stehen müssen, dadurch werden aber Umsteigeverbindungen in alle Relationen ermöglicht. Das ist im Grunde ein Integraler Taktfahrplan und einer der Bausteine des Erfolgs des ÖV in der Schweiz: Denn dort gibt es das überall.
Und nur weil niemand vom Stefan-Fadinger-Platz zur Prater Hauptallee durchfährt, heißt es trotzdem nicht, dass so eine Durchbindung nicht sinnvoll ist. Genauso ist es hier: Auch wenn die sechs Minuten Stehzeit für Fahrgäste, die durchfahren, sinnlos erscheinen mag – im Gesamtsystem macht das durchaus Sinn. Und genau deswegen ist der Lösungsvorschlag von User Hauptbahnhof auch für die Fische.
Wieso du dann nach der Ausfahrt aus dem Hauptbahnhof nochmal stehen musst: Die Kapazitäten auf der Stammstrecke sind nun mal enger, daher ist es sinnvoll, den Zug schnell durchzuschleusen als ihn noch mehr zu verspäten. Abgesehen davon fährt die S80 nur mehr bis Hütteldorf, hat also potenziell weniger Fahrgäste, die von der Verspätung betroffen sind.
Aber ja, um das zu verstehen braucht es halt auch eine Sicht auf das Ganze. Und woran es in deinem Falle krankt, ist schwer zu sagen. Stündlich können übrigens diese Verspätungen nicht sein, ich habe mir gerade stichprobenartig ein paar Züge angesehen. Aber wenn man sich über 5 Minuten Verspätung dermaßen aufregen kann…
Das hat alles meiner Meinung nach nur mit fehlender Flexibilität zu tun, da ist die DB wesentlicher besser diesbezüglich, das will ich hier mit einem Beispiel, welches ich selbst erlebt hatte, unterstreichen:
[…]
Langer Rede kurzer Sinn: die DB ziehen einfach einen pünktlichen Zug vor (vermutlich war dessen weitere Trasse auch frei) und lassen den nicht warten - DAS nenn ich Flexibilität!!
Phu, der nächste Experte. In Österreich haben pünktliche Züge üblicherweise auch Vorrang vor verspäteten. Und das ist im Übrigen auch nicht immer sinnvoll, da gibt es das Beispiel, dass ein Güterzug einem privaten Regionalverkehr nachfahren muss, da es sonst Beschwerden von dem privaten Eisenbahnunternehmen hagelt. Dass die S-Bahn nach einigen Stationen eh wieder pünktlich ist (dazu gibt es Fahrplanreserven), der Güterzug dafür in einem durchfahren kann und nicht ständig hinter der S-Bahn stehen bleiben muss, das ist egal – Hauptsache der private Betreiber hat seine Trasse pünktlich erhalten.
Und im Übrigen ist es gerade mit der Flexibilität in Deutschland deutlich schlimmer: Da dort das fahren am Gegengleis deutlich seltener vorkommt (hat sowohl infrastrukturelle als auch betriebsphilosophische Gründe), ist die Betriebsabwicklung im Grunde eigentlich unflexibler.
