Bei der Einführung ist die S15 (in beide Richtungen) Floridsdorf - Stammstrecke - Meidling - Westbahnhof - Hütteldorf - Meidling - Stammstrecke - Floridsdorf gefahren. Die Idee war wohl, dass man die S15 als Zu- und Abbringer zu den Westbahnzügen nutzen kann, und am Westbahnhof in den dort bereits stehenden Zug einsteigt, anstatt am Bahnhof zu warten, aber auf der Rückfahrt schon in Hütteldorf aussteigt und schneller am Ziel ist.
Die S3 ist unabhängig davon Westbahnhof - Hütteldorf - Meidling - Stammstrecke - Hollabrunn (- Retz) gefahren, wobei Züge auch erst ab Hütteldorf oder ab Meidling gefahren sind. Deswegen steht sie im Netzplan auch an beiden Bahnhöfen und in Meidling, aber nicht in Liesing.
Ab dem Fahrplanwechsel Dezember 2000 sind die Züge dann (weiterhin in beiden Richtungen als S15 bezeichnet) nur noch Floridsdorf - Stammstrecke - Meidling - Hütteldorf und zurück gefahren. Die S3 hat den Westbahnhof nicht mehr erreicht.
2005 ist dann die große Linienreform gekommen, bei der die Stammstrecken-Züge eine Liniennummer pro Richtung bekommen haben. Ab dann wurden alle Züge von der Stammstrecke - Meidling - Hütteldorf, aber nur in diese Richtung, als S15 bezeichnet, die Gegenrichtung je nach nördlichem Ziel als S2 (Laaer Ostbahn), S3 (Nordwestbahn) oder S4 (Nordwestbahn, weiter Richtung Absdorf-Hippersdorf). In Floridsdorf endende Züge haben eine Linienbezeichnung bekommen, die in den Takt gepasst hat (u.a. daher war dieses Liniensystem nicht besonders sinnvoll...)
Ab 2008 wurden die Züge ab Hütteldorf teilweise in der HVZ nach Unter Purkersdorf zur Verstärkung der S50 verlängert, in diese Richtung als S15, in die Gegenrichtung nach nördlicher Endstation (meistens S2).
2012 wurde das Linienkonzept mit der (Teil-)Eröffnung des Hauptbahnhofs aufgegeben und damit war die Linienbezeichnung S15 Geschichte. Die S60 ist stattdessen Meidling - Hütteldorf (- Unter Purkersdorf) gefahren, ab 2015 mit der Vollinbetriebnahme des Hauptbahnhofs hat den Streckenabschnitt die S80 übernommen. Die Verlängerung nach Unter Purkersdorf in der HVZ wurde 2019 aufgegeben, stattdessen die S50 verdichtet.
Eine S35 hat es nie gegeben.