Wieso verteidigist du den Status quo so vehement? Warum mutet man den Fahrgästen anderswo die 100m Fußweg mehr zu und hier soll das nicht möglich sein?
Das habe ich doch ziemlich genau beschrieben, Du musst es nur zur Kenntnis nehmen (widersprechen kannst Du natürlich trotzdem, aber bitte aufs konkrete Argument bezogen statt mit einer allgemeinen Aussage). Und man mutet den Fahrgästen bei Deinen Beispielen ("Josefstädter Straße" <> 5er und "Rathaus" <> 2er) eben NICHT ohne Not 100 m mehr zu als notwendig, die Bim hält so nah wie baulich möglich an den U-Bahn-Ausgängen.
Man kann nicht jedem seine eigene Straßenbahnhaltestelle vor die Haustür setzen und das soll auch nicht das Ziel sein. Auf einen Fahrgast, der zwei Minuten länger zur Bim gehen muss, kommen 30, denen eine Minute Fahrzeit entfällt. Immer noch unfair?
Das ist wieder so ein Totschlagargument, das die Situation vor Ort nicht berücksichtigt. Denn natürlich muss man z.B. die Zahl durchreisender Fahrgäste jener mit lokalen Zielen gegenüberstellen - und dabei berücksichtigen, dass der Einzugsbereich des 49ers außerhalb des Gürtels ziemlich gut durch U-Bahnen erschlossen ist, die eine schnelle Fahrzeit ins Zentrum ermöglichen. Dazu kommt die ziemlich dichte Besiedlung innerhalb des Gürtels. Insofern kann es Sinn haben, eben öfter zu halten und mehr lokale Verkehrsbedürfnisse zu bedienen. Das krasse Gegenteil wäre der 31er entlang der Brünner Straße, der eben auch die Aufgabe hat, die Leute schnell ins Stadtteilzentrum sowie zu S- und U-Bahn zu bringen und einer weniger dicht besiedelten Straße folgt. Bei dem wäre es natürlich kontraproduktiv, alle 200 m stehenzubleiben.
Streicht man außerdem den Siebensternplatz (oder meinetwegen die Stiftgasse, wenn man den Siebensternplatz in Richtung Stiftgasse versetzt), sind die Haltestellenabstände immer noch unterdurchschnittlich und das Einzugsgebiet super angebunden. Wo ist also das Problem?
Das schrieb ich bereits: 100 m mehr sind im Zweifelsfall eine Straßenbahn später - ab 20:30 Uhr also eine faktische Fahrzeitverlängerung von 15 min (oder 10 min, wenn man gleich zu Fuß geht). Wäre schön, wenn Du Gegenargumente zur Kenntnis nehmen würdest, sonst drehen wir uns in drei Wochen noch im Kreis.
Auflassung von Station und Ampeloptimierung schließen einander übrigens nicht aus. Man kann ja beides zur Fahrzeitverkürzung verwenden. Nur was willst du zwischen Volkstheater und Gürtel noch groß an Ampelschaltungen optimieren? Die Ampel bei der Zieglergasse wurde gerade erst entfernt, bei der Stiftgasse gibt es keine und jene bei der Neubaugasse (sofern es diese seit dem Umbau in die BeZo noch gibt) und am Siebensternplatz gehören mMn auch längst weg inkl. BeZo oder Tempo 20 im Kreuzungsbereich, so viel Verkehr gibt es hier erfahrungsgemäß nicht. Bleibt noch die Ampel Schottenfeldgasse. Ok, die kann man optimieren, wenn das nicht schon der Fall ist.
Du vergisst die beiden Ampeln, die mutmaßlich am meisten Zeit kosten, Gürtel und Zweierlinie selbst. Denn die gehören aus ÖV-Sicht zur dümmstmöglichen Kategorie von Kreuzungen (zumindest bei den aktuellen Prioritäten in Verwaltung und Politik): Öffi-Linie quert Hauptstraße. Außerdem hast Du eine vergessen, Burggasse Ecke Breite Gasse.
Sonst würde ich noch darauf achten, dass die Bim vom ULP zum Volkstheater auf Geradeausstrecken ihren 50er fahren kann. Voila, eine Hst. weniger, zwei Ampeln weg, Tempo 50 wo möglich und schon sind 3 Minuten Fahrzeit eingespart. 
Die 3 min Fahrzeitverkürzung scheinen mir weit übertrieben, es gibt ja z.B. auch noch die Gleiskreuzung mit dem 5er und die beiden scharfen S-Kurven an der Neubau- und der Breiten Gasse.
Die Frage ist auch, ob man in einem dicht bebauten Gebiet mit engen Straßenzügen tatsächlich die 50 ausfahren sollte (gilt für Öffis wie für Autos). Das degradiert den Stadtraum zum Transitraum - und wäre letztlich der selbe Fehler, den man in Bezug auf das Auto seit 70 Jahren macht: man gestaltet den Stadtraum allein nach den Bedürfnissen des Verkehrs, alle anderen Nutzungen haben sich dahinter einzuordnen. Ironischerweise könnte das künftige Straßenbahnprojekte erschweren, weil man sich wie die Axt im Walde aufführte statt auf den durchquerten Stadtraum zu reagieren.
Die Kreuzung mit der Linie 5 ist wegen der Nähe der Kaiserstraße zum Gürtel problematisch.
Ist halt städtebaulich so, über Jahrhunderte gewachsen. Dann hält die Bim halt öfter.
U3 und 46er haben keine eigene Umsteigestation auf Höhe Kaiserstraße, der 48A hat in beide FR eine, worunter die Fahrzeit auf beiden Linien leidet, vor allem am 5er, der dadurch zwischen Lerchenfelder Straße und Stollgasse gefühlt alle 50 Meter hält
Ich gehe mal davon aus, dass Du nun plötzlich vom 5er sprichst? Zur U3 hat er ja eine direkte Umsteigestation, am Westbahnhof, insofern ist der Vergleich der Kaiserstraße mit dem Siebensternplatz ein Vergleich von Äpfeln und Birnen. Und an der Lerchenfelder Straße ist der 5er gute 50 m vom Gürtel entfernt, auch ein Vergleich von Äpfeln mit Birnen. Man sollte bei allen Pseudobeschleunigungsfantasien* nicht vergessen: beim stärksten Konkurrenten der Öffis, dem Auto, gibt es kein Umsteigen. Umsteigen ist per se ein Nachteil, den die Öffis haben und der sich nicht vermeiden lässt. Demzufolge sollte er zumindest so weit wie möglich abgemildert werden.
Auch beim 5er gilt übrigens in diesem Bereich: es gibt eine parallele U-Bahn für den schnellen Verkehr über weitere Entfernungen.
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* "pseudo" deshalb, weil eben die Fahrzeit von Tür zur Tür das relevante Kriterium ist, nicht die Höchstgeschwindigkeit eines Verkehrsmittels - und wenn man wegen längerer Umsteigewege den Anschluss verpasst und 10-15 min länger braucht, ist das eben ein weitaus stärkeres Argument gegen die Öffi-Nutzung als eine eine um 1-2 min längere Fahrzeit wegen einer zusätzlichen Haltestelle.