Die Zugkategorie MEX gefällt mir als Name nicht, das ist mir zu nahe am REX, dass die Umbennung Sinn macht. Ich würde die Züge einfach IR nennen.
Uff, schwierig. IR war (in D), ist (in CH) und wird (in AT, wenn nicht eine tolle ÖBB-"jet"-Marke kommt) regionsbedienender Fernverkehr (sein). Der MEX hingegen, der ja genau das gleiche wie der CJX auf der Westachse ist (wer weiß, wie der dann wirklich heißt), ist eindeutig ein beschleunigter Nahverkehr, der im unmittelbaren Ballungsraum nur wenig Halte hat und den Fernverkehr entlastet, aber weiter draußen das Grundangebot mit lokaler Erschließung darstellt. Durch diese unterschiedlichen Funktionen ist ja das Angebot für den Fahrgast auch ein ganz anderes: IR wird 1. Klasse und ein rudimentäres gastronomisches Angebot haben, womöglich auch Reservierungsmöglichkeiten, dafür werden die ganzen reinen Nahverkehrstarife nicht gelten. Der MEX hingegen ist ein herkömmlicher Nahverkehr, der aber halt in einem Teilabschnitt extrem beschleunigt ist und daher eine andere Bezeichnung als REX braucht, damit nicht wieder wie auf der Westbahn ein Chaos mit langsamen und schnellen rj (heute rj und rjx) passiert.
Was kürzt man da mit MEX ab?
Angeblich „Metropol-Express“. Also Wien, Baden, Wr Neustadt. 
Eher nur Wien, weil Einzahl

Der Name dürfte wohl aus BaWü stammen:
https://de.wikipedia.org/wiki/Metropolexpress