Bin insofern ganz bei Dir, als die Führung zum AKH der Alser Straße bei weitem vorzuziehen ist. Erstens, weil das Bestandnetz dadurch nicht in Frage gestellt wird, zweitens, weil das AKH ein sinnvolles Ziel ist, das zZ nicht besonders gut ans Stadtzentrum angebunden ist.
Vorsicht! U5 nach Michelbeuern stellt das Straßenbahnnetz nicht in Frage? Man würde dann wohl die Linien 42 und 37 zusammenlegen und somit die innere Währinger Straße "entlasten". Ganz besonders, wenn man auch bei der Gelegenheit gleich den 40er kübelt und die Strecke in der Herbeckstraße von der neuen Linie 42/37 übernehmen lassen würde!
Dass das AKH schlecht angebunden wäre, sehe ich aber eigentlich nicht. Man hat Zugänge an drei Seiten (13A/43/44; U6/42; 5/33), man kann sich also sogar die günstigste Verkehrsverbindung
nach Gebäudeteil heraussuchen! Besser gehts eigentlich gar nicht! Schon gar nicht beim AKH, so ein Moloch ist nun mal nicht mit kurzen Fußwegen effizient öffentlich zu erschließen, das ist genauso wie bei einem großen Flughafen, Einkaufszentrum oder Bahnhof, da fallen innen auch immer ewige Fußmärsche an.
Naja, genau das Schottentor wird ja ausgelassen. Die Studenten können dann vom Rathaus zurückhatschen oder die eine Station mit der U2 zurückfahren 
Das Schottentor ist ja nur deswegen als Uni-Station so wichtig, weil es derzeit der einzige Zugang zum Hauptgebäude ist. Je nachdem, wie man die Kreuzungsstation Rathaus anlegt, könnte ich mir vorstellen, dass man einen nördlichen Ausgang baut, von dem man ebenso schnell beim Uni-Hauptgebäude ist, eben vom Südende. Zum NIG erst recht, dorthin ist man ja heute schon von der U2 Rathaus fast genauso schnell, wenn man hinten bei der Liebiggasse reingeht (zumindest wenn man aus Richtung Karlsplatz kommt und dadurch nicht die Landesgerichtsstraße überqueren muss), man spart sich nämlich das Chaos am Schottentor.