Hauptsächlich bei der U-Bahn? Dort fallen mir außer Museumsquartier(-Mariahilfer Straße) und Schottentor(-Universität) keine ein, die inkonsequent verwendet werden. Messe-Prater, Michelbeuern-AKH und Kaisermühlen-VIC sind konsequent in Verwendung. Eher gibt es bei Bus und Straßenbahn zahlreiche, grad im Gebiet von 13A, 49, 48A, 10A und den Straßenbahnen in der Ottakringer Gegend, wo bei Doppelnamen oft nur jener Straßenname angesagt wird, durch den das jeweilige Verkehrsmittel nicht fährt. Zum Beispiel Westbahnstraße/Zieglergasse der Linie 49. Zumindest als ich zuletzt dort gefahren bin, wurde nur Zieglergasse angesagt. Diese Station gehört aber zur U3, nicht zum 49er. Ob das Problem in der Gegend immer noch so prominent ist, weiß ich nicht, aber es ist mir auf jeden Fall so in Erinnerung.
Messe-Prater, Kaisermühlen-VIC, halte ich in erster Linie für ungünstig angeschrieben (in den Stationen, bitte beide Namen auf alle Schilder), aber nicht inkonsistent verwendet.
Aber da gibt es noch mehr Stationen mit alten (oder auch nie verwendeten) Stationsnamen in prominenter Position: Meidling-Philadelphiabrücke, Stubentor-Dr.-Karl-Lueger-Platz, Längenfeldgasse-Bruno-Pittermann-Platz. Und natürlich Landstraße-Wien Mitte, wo eine Vereinheitlichung auch nützlich wäre.
Ganz absurd ist der Hauptbahnhof, wo bei der Ustrab Hauptbahnhof und Südtiroler Platz abwechselnd angeschrieben sind, aber auf den Linienzetteln und sonstiger FGI überall nur "Hauptbahnhof" verwendet wird (im Gegensatz zur U1). Wien Mobil kennt die Haltestelle "Südtiroler Platz" überhaupt nicht in der Stationsübersicht, nur "Hauptbahnhof". Einfach nur ein absurder Wirrwar, der niemandem hilft. Bei der U1 sollten zumindest beide Stationsnamen auf alle Schilder.
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Und sonst wäre es wohl nett, die ganzen alten ÖBB-Logos auf dem Leitsystem zu tauschen (die wird ein Tourist nicht erkennen), ebenso die Kennzeichnung der WLB am Karlsplatz: Auch dieses Logo wird ortsfremden wohl nichts sagen, hier sollte der Text "WLB" oder "Wiener Lokalbahnen (WLB)" ergänzt werden. Vielleicht wäre ein neues Leitsystem mit mehr Platz für die Beschriftung der Ausgänge generell nicht schlecht, denn in Stationen wie Landstraße ist die abwechselnde Beschriftung (linker/rechter Ausgang) auch nicht so optimal.
Die Problematik der Doppelnamen bei der Straßenbahn/Bus sehe ich natürlich genauso, da hast du recht - das Problem besteht nicht nur hauptsächlich bei der U-Bahn. Aber an der Oberfläche hat man immerhin durch GPS-Empfang mit Google Maps eine zusätzliche Orientierungsmöglichkeit um sich zu versichern.