Man könnte vielleicht in RDH zwischen den Hallen 1 und 2 ein Flugdach für zwei weitere Gleise errichten, wenn man von allfälligem Denkmalschutz darf. Platz wäre vorhanden.
Die Gleise hat es früher ja gegeben. Bei einer Wiedererrichtung hättest du einen Aufstand der Gewerkschaft, weil dann ja Parkplätze für die Bediensteten wegfielen! 
Schon früher sind auf den Gleisen zu 99 Prozent Pkw gestanden und ganz selten Schienenfahrzeuge. Die abgestellten Pkw der Werkstattler sind auch der eigentliche, wenn auch gern verschwiegene Grund, dass die Haltestelle in der Zollernsperggasse nicht verwendet werden "darf".
Also zwischen den Hallen 1 und 2 seh ich eigentlich nie Autos parken, bin mir nicht einmal sicher, ob das aktuell wegen der Bauarbeiten überhaupt von der Schwendergasse aus befahrbar ist. Auf alten Google-Aufnahmen stehen dort tatsächlich Autos, aber die sind von vor der Baustelle Völlig verparkt hingegen sind:
- der überdachte Radabstellplatz westlich von Gleis I/8
- das östlichste Gleis vor Halle III.
Aber nachdem wir hier von sehr langfristigen Umbauten reden, kann sich das auch irgendwann ändern. Am Bahnhofsgrund parken zu können ist ja ein "Gewohnheitsrecht" der aktuellen Mitarbeiter, kein naturgegebenes Grundbedürfnis aller zukünftigen. Und wenn man denn unbedingt mit aller Gewalt wollte, könnte man sicher mit Unsummen Geld Halle 1 oder 2 unterfangen und eine Tiefgarage mit Einfahrt von der Siebeneichengasse darunter bauen. Bzw. gibt es sowieso Räume unter den Hallen 1 und 2, wo ich nicht weiß, was davon benötigt wird und was nicht. Aber wie gesagt, ich halte für möglich, dass sich das Problem langfristig eh von selber löst.
Das ist aber kein Neubau seit der Zuerkennung des Status als Generalanbieter! 
Meiner Erinnerung nach ist das keine harte Bestimmung ("Linien dürfen nicht das Stadtgebiet verlassen"), sondern eine flexible Fomulierung in der Art von "muss seine Leistungen großteils auf dem Stadtgebiet erbringen". Damit wäre das kurze Stückerl nach Großenzersdorf ziemlich sicher kein Problem.