Es ist ja auch ein bisserl eigenartig, wenn die U2 zwischen Schottenring und Schottentor steil bergauf fährt, um gleich nach der Station Schottentor wieder rasant abzusinken, um unter der Uni durchfahrne zu können... 
Man könnte sicher auch unter der jetzigen Station eine neue errichten. Die Zugangswege werden dann halt weiter. Für solche Verbesserungen fehlt ihnen aber weitestgehend das Geld. Es geht sich die Minimalvariante gerade aus und Spompanadeln gibts keine.
Also nach den jetzigen Plänen, die mir bekannt sind, bleibt die Station Schottentor unangegriffen.
Noch dazu hätte eine Tieferlegung der Station den Nachteil, dass die Strecke sicher während der Bauzeit eingestellt ist. Denn ich bezweifle, dass man im Betrieb eine weitere Station drunter bauen kann. Und die Kosten wären sicher auch nicht zu unterschätzen. Das einzig sinnvolle wäre mMn ein Umbau aller Praterstern. Ob da die Häuser in der Maria Theresien Straße nicht im Weg sind, bin ich mir nicht sicher.