Ich weiß ja nicht wie es sich bezüglich Luft und Feuchtigkeit in so einem leerstehenden und ungenutztem U-Bahntunnel verhält, aber werden hier nicht Leerfahrten notwendig um Schimmelbildung zu vermeiden? 
Ich glaub, bei dem kurzen Abschnitt, ist es billiger ein.- zweimal am Tag die Brandrauchlüftung der Station anzuschmeißen.
Die lüftet den Bereich sicher besser als alle Züge es könnten. Davon mal abgesehen gehört die eh regelmäßig auf Funktion geprüft.
Noch dazu glaube ich kaum, dass man die beiden Abschnitte miteinander vergleichen kann. Denn während der Frankplatz in Sacktunnel ist, ist der Tunnel am Flughafen Berlin auf beiden Seiten offen (Auch wenn die S-Bahn nur Wendegleise hat)
Ein Befahren für Belüftung der Tunnel zur Schimmelvermeidung halte ich daher in Wien nicht sinnvoll.