Sorry, aber wär dort eine 44er-Umlegung zur derzeitigen Station nicht WESENTLICH sinnvoller und billiger? Das einzige was man IMO eventuell andenken könnte wäre eine Verlängerung der Bahnsteige über die südlich angrenzende Brücke (analog zur bestehenden Verlängerung am Nordende) und die Errichtung eines zweiten Abgangs am neuen Südende der Station. Aber für wahnsinnig sinnvoll oder notwendig halte ich das auch nicht.
Die günstige Lösung ist m.E. die Linie 8 entlang des Gürtels, weil sie den 44er durch die bessere Umsteigesituation deutlich aufwertet. Eine Umlegung des 44ers sähe ich als die schlechteste Lösung an, wobei man tatsächlich Quell-Ziel-Zählungen machen müsste, um rauszufinden, was entlang des 44ers wichtiger ist: Bequemes Umsteigen zur U6 oder Direktverbindung in die Stadt.
Ich würde die S45/11-Lokalbahn ja anders als heute betreiben. Die S-Bahn hat z.B. elendslange Stationsabfertigungen. Würde man die auf U-Bahn-Niveau bringen, ebenso wie die Beschleunigungswerte nach den Stationen, könnte man locker zwei neue Haltestellen bauen und die Fahrzeit würde dennoch kürzer werden.
Bei der Wiener S-Bahn plant man leider mit viel zu großen UIC-Reserven, da ließe sich garantiert was rausholen, zumal die Talent bzw. Desiro Mainline relativ spurtstark sind. Denkbar wäre der Betrieb mit den Triebwagen die für die RegioTram Kassel genutzt werden.
Warum ihr den armen 13er zur Nußdorfer Straße führen möchtet, ist mir nicht verständlich. Was soll er dort? Der gehört, wie schon geschrieben wurde, als 5er-Verstärker statt des 33ers verwendet und sollte in Richtung Friedensbrücke weiterfahren. Wie weit er danach fährt, ist dann gar nicht so wichtig (und hängt davon ab, was man mit dem 33er macht).
Der 13er ist doch nicht arm.

Aber er ist von seiner Verkehrsbedeutung sicher keine Ergänzungslinie, die dem 5er als Verstärker dient. Auch hier stellt sich die Frage, bevorzugen die Fahrgäste die Verknüpfung mit der U-Bahn am Gürtel oder eben einen Viertelring um die Stadt in Richtung Friedensbrücke? Eventuell macht es auch Sinn, auf der Strecke 13 zwei Linien anzubieten, eine in Richtung Friedensbrücke und eine Richtung Gürtel-U-Bahn, da erweitere ich @darkweasels Vorschlag:
13 Hauptbahnhof S+U - Weschelstraße S via FJB
14 Alser Straße U - Siedlung Südost via Matzleinsdorfer Platz
- 8 vom Gürtel kommend - Gürtelbrücke - Adalbert-Stifter-Straße - Friedrich-Engels-Platz
Entweder 8er oder 35er über den Donaukanal, wobei ich letzteren favorisieren würde.